Fakultas MIPA, pada awalnya merupakan UPT dalam ruang lingkup Universitas Brawijaya (UB). Persiapan pendirian Fakultas MIPA telah dilakukan sejak tahun 1981 dengan menghimpun laboratorium-laboratorium dasar di lingkungan UB menjadi Laboratorium Sentral yang berfungsi sebagai laboratorium yang mendukung penyelenggaraan pengajaran dan praktikum ilmu-ilmu dasar bagi fakultas-fakultas eksakta. Setelah sarana dan prasarana dianggap mencukupi untuk keperluan pendidikan S-1, maka pada tahun 1987 dibuka Program MIPA yang terdiri atas 4 program studi, yaitu Program Studi Biologi, Kimia, Fisika dan Matematika. Sebagai upaya untuk melengkapi sarana dan prasarana, dilakukan berbagai bentuk kerjasama dengan pihak luar negeri, antara lain dengan NUFFIC-Belanda, IDP-Australia dan GTZ-Jerman yang bertujuan untuk meningkatkan kompetensi dosen, jumlah peralatan laboratorium, penataan kurikulum dan penyelenggaraan pendidikan tinggi.

Dalam perkembangannya, Program MIPA mendapat perhatian khusus dari Pemerintah melalui Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, baik dari sisi peningkatan sarana dan prasarana ataupun peningkatan kuantitas dan kualitas tenaga dosen. Sesuai dengan perkembangan yang telah dicapai Program MIPA dan ditunjang oleh kebutuhan lulusan MIPA dalam bidang pembangunan dan industri, maka sejak tanggal 21 Oktober 1993 dengan keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0371/0/1993 status Program MIPA ditingkatkan menjadi Fakultas MIPA (FMIPA),  yang terdiri atas 4 jurusan, yaitu Jurusan Biologi, Jurusan Kimia, Jurusan Fisika, dan Jurusan Matematika.

Pada awalnya, Jurusan Matematika hanya memiliki satu program studi, yaitu Program Studi Matematika. Sejalan dengan peningkatan kapasitas internal yang sangat memadai dari segi fasilitas dan SDM, Jurusan Matematika membuka Program Studi Statistika pada tahun 1998. Dengan peningkatan jumlah dosen yang bergelar doktor dan bertambahnya dosen dengan jabatan akademik guru besar, maka Jurusan Matematika membuka Program Studi Pascasarjana, yaitu Program Magister Matematika pada tahun 2010 dan Program Magister Statistika pada tahun 2011. Selanjutnya pada tahun 2016 mulai dibuka Program Doktor Matematika.